כתב האישום בפרשת 1000 טוען שבנימין נתניהו "עסק בענייניו של מילצ'ן במסגרת תפקידיו" למרות שקיבל ממנו ומאדם נוסף, ג'יימס פאקר, טובות הנאה ש"עיקרן סיגרים ושמפניות". הוא מואשם "בניגוד עניינים חריף ומתמשך" שמהווה "מעשי הפרת אמונים".

כתב האישום כולל 63 סעיפים המתחלקים כדלקמן:

​

כללי – (סעיפים 1,4,22 ו-61-63 - סה"כ 6 סעיפים)

אלו סעיפים שחלקם מתארים עובדות כלליות ואירועים שקרו במהלך התקופה המדוברת, אינם מהווים עבירה ואינם נמצאים במחלוקת. בחלקם יש האשמות כלליות הנדונות בפרוטרוט בסעיפים האחרים.
 

החברוּת ו"טובות ההנאה" – (סעיפים 2,3 ו-5-20 - סה"כ 18 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים את היחסים בין נתניהו, פאקר ומילצ'ן ו"טובות ההנאה" שקיבל מהם נתניהו.

 

אירועים שחלה עליהם התיישנות – (סעיף 21- סעיף אחד)
שני אירועים שקרו מחוץ לתקופה הרלוונטית בכתב האישום.
 

הויזה למילצ'ן – (סעיפים 23-32 - סה"כ 10 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים אירוע שבו נתניהו סייע למילצ'ן בקבלת ויזת שהייה בארה"ב, סיוע שניתן עקב שירותו של מילצ'ן למען מדינת ישראל.

 

הארכת הפטור ממס – (סעיף 33-38 - סה"כ 6 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים אירוע הנוגע בהארכת תוקף הפטור ממס לתושבים חוזרים.

מיזוג קשת-רשת – (סעיף 39-55 - סה"כ 17 סעיפים)
אלו סעיפים המתארים אירוע הנוגע בבחינת נושא מיזוג קשת-רשת שמעולם לא התבצע.

טופס ניגוד עניינים – (סעיף 56-60 - סה"כ 5 סעיפים)
אלו סעיפים הנוגעים למילוי טופס ניגוד העניינים על ידי ראש הממשלה.